Theo bản Phả ký (Bạch Vân am cư sĩ Nguyễn công Văn Đạt phả ký) do Ôn Đình hầu Vũ Khâm Lân soạn năm 1743, Nguyễn Bỉnh Khiêm có cả thảy ba người vợ và 12 người con, trong đó có bảy người con trai. Cũng giống như cha, hầu hết các con trai của Nguyễn Bỉnh Khiêm đều theo phò tá nhà Mạc. Bởi vậy sau khi nhà Mạc bị thất thủ dưới tay nhà Lê-Trịnh (1592), con cháu ông đều phải thay tên đổi họ, li tán thập phương. Một chi họ do người con trai cả của ông là Hàn Giang hầu Nguyễn Văn Chính đứng đầu đã di cư về vùng Trường Yên thuộc đất Hoa Lư, Ninh Bình ngày nay và đổi từ họ Nguyễn sang họ Giang nhằm tránh sự trả thù của nhà Lê-Trịnh. Lúc sinh thời, Nguyễn Bỉnh Khiêm đã cử người con trai thứ 7 (con trai út) dẫn người cháu đội bát hương sang sinh cơ lập nghiệp ở làng An Tử Hạ, xã Kiến Thiết bên quê ngoại để trông coi phần mộ và thờ phụng ông bà ngoại Nhữ Văn Lan cùng mẹ Nhữ Thị Thục rồi về sau tạo thành một chi họ Nguyễn hậu duệ của Trạng Trình trên đất Tiên Lãng ngày nay.

Trong suốt thời kỳ dài cho tới nay, việc xác định địa điểm an táng thật của Nguyễn Bỉnh Khiêm là một vấn đề được nhiều thế hệ con cháu ông và các nhà nghiên cứu huyền học - tâm linh (dịch lý, phong thủy, ngoại cảm...) tại Việt Nam quan tâm, đặc biệt kể từ sau khi đền thờ Trạng Trình được tôn tạo và mở rộng thành quần thể di tích lịch sử - văn hoá vào năm 2000. Tuy nhiên cho đến thời điểm khu di tích được Chính phủ xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt vào đầu năm 2016, vẫn chưa có công bố chính thức của các cơ quan có thẩm quyền trước các phương tiện truyền thông. Không ít nhà nghiên cứu về Nguyễn Bỉnh Khiêm cho rằng việc đi tìm mộ thật của ông sẽ mãi là một bí ẩn cũng như nhiều bí ẩn hay những thắc mắc chưa được giải đáp xung quanh cuộc đời và sự nghiệp của một trong những con người có ảnh hưởng nhất của lịch sử trung đại Việt Nam.